Visar inlägg med etikett SARS-CoV-2. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett SARS-CoV-2. Visa alla inlägg

onsdag 19 januari 2022

Därför skyddar vaccin dig från att hamna på IVA

Många som vaccinerar sig mot covid-19 blir sjuka, men enligt Socialstyrelsen är det tolv gånger högre risk för intensivvård för ovaccinerade jämfört med vaccinerade. Hur kommer det sig?

Kroppens immunförsvar har två fronter: en snabb och medfödd front och en adaptiv och stabil front som lär sig av tidigare attacker. När du vaccinerar dig lär du upp T-cellerna i det adaptiva immunförsvaret.

Forskare vid Karolinska institutet har nu studerat hur T-cellerna lär sig att känna igen den ursprungliga sars-cov-2-varianten och den nya omikronvarianten efter infektion eller vaccination.

Vaccinerna lär T-cellerna hur de ska skydda kroppen även mot omikronvarianten. Foto: Fusion Medical Animation / Unsplash

”Mängden antikroppar är dramatiskt reducerad mot omikronvarianten. Mellan 10 och 60 gånger färre B-celler bildas mot denna variant. Men mängden T-celler går inte ner. Nivåerna var nästan desamma”, säger Yu Gao, forskare vid Karolinska institutet, i en intervju i DN.

Även om mängden antikroppar går ner så att omikronvarianten kan orsaka infektion, förblir T-cellsskyddet intakt. Vaccinerna lär alltså T-cellerna hur de ska skydda kroppen även mot omikronvarianten.

fredag 8 maj 2020

Så bör man kommunicera under en pandemi

Det räcker inte med att veta vad som måste sägas; man måste veta hur man ska säga det, säger den världsledande amerikanska epidemiologen Michael T. Osterholm i sitt senaste nyhetsbrev. Han lyfter även fram en rapport av kommunikationsexperterna Peter Sandman och Jody Lanard. 

Rapporten ger en färdplan för hur ledare bör kommunicera obekväma fakta med allmänheten. Sandman och Lanard redogör för sex principer för kriskommunikation under en pandemi. Det handlar om fakta och tydlighet. Det måste vara ett ärligt samtal mellan ledare, experter och allmänhet.


Princip 1: Försköna inte

Det vanligaste kommunikationsfelet som ledare och tjänstemän gör under en kris är att försköna dåliga nyheter. Det här är inte så farligt. Det är lugnt. Lita på oss. Målet är att hålla människor lugna, men det är en strategi som slår tillbaka. Oroliga människor känner sig övergivna. De tappar tron på ledarskapet. De likgiltiga - å andra sidan - får en bekräftelse på att de inte behöver ändra sin livsföring.
Om man kommunicerar dåliga nyheter på rätt sätt är de paradoxalt nog lugnande både för människor och marknad. Vi känner att vi blir tagna på allvar. Vi känner oss välinformerade. Det gäller att hitta den rätta tonen. Ingen vill bli behandlad som ett barn. Berätta sanningen utan politik, prestige och teater. Det inger förtroende. Den så kallade marknaden - det vill säga summan av alla beslut som människor fattar - vill först och främst veta vad som gäller. 


Två som visat ledarskap i detta avseende är Tysklands Angela Merkel och Nya Zeelands Jacinda Ardern. De förskönade inte budskapet. De har varit tydliga, inkluderande och empatiska.

Princip 2: Betona osäkerhet

Att tydligt kommunicera sin osäkerhet är mer trovärdigt än tvärsäkerhet. Ödmjuk kommunikation minskar konsekvenserna av att ha fel. Det gör det lättare att ändra sig. Det minskar polarisering. Osäkra påståenden lockar till debatt, tvärsäkra påståenden till konflikt.

I tider av osäkerhet är det viktigt att tillåta spekulation. Många tror att man ska undvika spekulation vid en kris, men det som ska undvikas är tvärsäker spekulation. Vetenskapens kärna är spekulation. Det är det som leder till utveckling. Nya hypoteser testas. Man gissar, testar och gissar igen.

Det är också viktigt att erkänna att det finns flera åsikter. Det finns inga säkra åsikter. Det är ett samtal. Om man företräder en minoritet så är man öppen med det. Om man företräder majoriteten säger man också det - men man ska inte låtsas som att vetenskap handlar om majoritetsbeslut. Det är viktigt att respektera varandra. Personattacker leder till försvar och folk gräver ner sig i skyttegravar. Människor som vanligtvis respekterar varandra befinner sig plötsligt i röd zon. Det löser inga problem. På den fronten är intet nytt.

Till sist: man ska inte prata om Vetenskapen som ett bevis för att man har rätt. Det signalerar att man tror sig vara ofelbar. Det finns inget sådant som "Vetenskapen." Vetenskap är inte en religon. För Covid-19 finns bara gradvis, falsifierbar och osäker vetenskap.

Princip 3: Erkänn dina och andras känslor

I början skrevs det att rädslan var farligare än viruset. Idag är det få som håller med om att rädsla var det största problemet i februari/mars. Rädsla är en naturlig reaktion. Vid en pandemi leder det till social distansering.

Orädda, tuffa ledare är inget att sträva efter. Det är inte bra ledarskap att tvärsäkert peka med hela armen. En ledare är inte hejaklacksledare. Människor behöver ledare som delar deras rädsla. Som säger att det är svårt. Som Churchill efter segern vid el-Alamein 1942: ”Det här är inte slutet. Det är inte ens början på slutet. Men det är, kanske, slutet på början”. Eller Nya Zeelands ledare Jacinda Ardern: ”Act like you have COVID-19”.

Princip 4: Ge människor något att göra

Pandemin är inte enbart en angelägenhet för Folkhälsomyndigheten. Det är en gemensam uppgift. Om en myndighet säger att allt är under kontroll finns det inget för människor att göra. Ledare bör uppmuntra delaktighet. 

Människor som gjorde något - fyllde förråden - kallades för hysteriska hamstrare. Men det är ett välkänt psykologisk fenomen att handlingar håller ångest på plats. Genom att göra saker är det lättare att hantera rädslan. Det är viktigt att erbjuda människor en rad åtgärder som de kan välja mellan. Valmöjligheter ger kontroll och kontroll stävjar ångest.

Princip 5: Erkänn fel och be om ursäkt

Den femte punkten är den svåraste. Det är svårt och riskabelt, men det är mycket värre att vägra erkänna fel och att inte be om ursäkt. Listan är lång: Påståendet att asymptomatiska människor inte överför smitta. Att Covid-19 är som influensa. Att högst 1000 kommer att dö. 


Det är viktigt att erkänna fel av två skäl: Om du klandrar dig själv mer, klandrar andra dig mindre; de kanske till och med berättar varför det inte riktigt var ditt fel. För det andra börjar förlåtelse med erkännande. Det är svårt att förlåta de som inte erkänner sina misstag.

Princip 6: Gör alla delaktiga i det stora dilemmat

Det vi står inför är inte ett vetenskapligt dilemma, skriver Sandman & Lanard. Det är ett politiskt dilemma, för det handlar om värderingar. Det är ett dilemma som handlar om ett val mellan liv och ekonomi. Det är något för politiska ledare och allmänhet. I en intervju beskriver Michael T. Osterholm det som ”we must try to thread the rope through the middle”.

Experter som ställer sig ovanför demokratin som om de kan lösa det grundläggande dilemmat "liv mot ekonomi" överskrider både sitt mandat och sin expertis, skriver Sandman och Lanard. Experter ska dela med sig av kunskap; besluten fattas av politiska ledare och allmänhet. Det är där besluten hör hemma. Vetenskapen är osäker och när det gäller värderingar är forskare människor precis som alla andra.


Hela rapporten Effective COVID-19 Crisis Communication finns här.


torsdag 16 april 2020

En bayesiansk analys av pandemin

På senare tid har intresset för bayesiansk analys ökat starkt. Läkare, ingenjörer och finansmän använder bayesianska metoder som stöd i beslutsfattande. Psykologer och hjärnforskare utforskar hjärnans bayesianska funktionssätt. Det används inom maskininlärning och AI. Ditt spamfilter arbetar enligt bayesianska principer. Statistiker använder i allt högre grad bayesiansk analys.

Du startar med en hypotes och en viss grad av tro på den hypotesen. Denna tro är baserad på dina förkunskaper. Därefter samlar du in data och uppdaterar din ursprungliga tro. Om data stöder hypotesen ökar sannolikheten, om de inte stöder hypotesen, minskar sannolikheten.

Det finns ingen naiv prognosmetodik

Det är ungefär så din hjärna fungerar. Du tror något baserat på din modell av världen. Din tro leder till en kvalificerad gissning. Din gissning möter världen och det ger dig återkoppling. Därefter uppdaterar du din modell av världen.

En viktig del av bayesianism är att den är uttalat subjektiv. Du måste redovisa dina antaganden. Du tror någonting. All statistik, även frekvensstatistik, görs av människor med värderingar. Det finns ingen naiv prognosmetodik, som min gamla professor Martin Edman sa. 

Varken matematiska modeller eller mänskligt tänkande kan fungera utan antaganden. Du kan låtsas som att du är objektiv, men du har i grunden en tro.

Hur hantera man osäkerhet om pandemier med hjälp av bayesiansk analys? 


Säg att händelsen A är en pandemi med miljontals döda. Hur borde sannolikheten för A uppskattas, med tanke på de data som fanns i december 2019? Jo, under de senaste 100 åren har det varit tre pandemier: spanska sjukan 1918, Asiaten 1957 och Hongkong-influensan 1968. Tre pandemier under de senaste 100 åren ger en sannolikhet på 3 procent, P(A) = 3%. Det blir vår basprognos.

Sannolikheten att ett nytt virus dyker upp är händelse B. Då måste prognosen för A uppdateras. Risken för en nytt virus B om hypotes A är sann skrivs som P (B | A). Sannolikheten för ett nytt virus 2020 om det finns ett virus är 100%. Du kommer inte att se ett nytt virus såvida inte ett nytt virus har dykt upp. Så P (B | A) = 100%.

Vad är risken för att ett nytt virus B, om vår hypotes A är falsk? Kan ett nytt virus dyka upp om vi i början av 2020 inte ser en pandemi? Vad är den sannolikheten?
Bayes sats.

Alla nya virus blir inte pandemier, som fågel- och svininfluensa. Eftersom vi vet att det nya viruset dessutom är ett coronavirus kan vi uppdatera våra sannolikheter. De senaste tjugo åren har det varit två utbrott av coronavirus: SARS-CoV 2003-2004 och MERS-CoV 2012-2015, men de skapade ingen pandemi. Utbrott av coronavirus inträffar alltså när hypotesen A är falsk. Vi antar att sannolikheten för det är 33%, dvs P (B | ~ A) = 33%. (källa)

Vi använder nu Bayes sats för att uppdatera vår prognos för hypotes A. Det formella uttrycket för teoremet är:

Ny prognos för A = P (B | A) * P (A) / [(P (B | A) * P (A)) + (P (B | ~ A) * P (~ A))] 

Efter att ha stoppat in värdena uppdateras prognos för en global pandemi som börjar 2020 från 3% till 8,5%. När sannolikheten för basprognosen är låg ökar sannolikheten rejält med nytt data. Risken för en pandemi 2020 nästan tredubblades från vad den var i början av året.

Poängen med bayesianskt tänkesätt är att du kontinuerligt uppdaterar din tidigare tro när du får ny information. Dessa uppdateringar görs på den nya prognosen som visar P(A)=8,5%, inte den gamla på 3%. Så sannolikheter kan snabbt öka i takt med ny information. 

Det gäller också i vardagen. I början av året trodde många att Covid-19 var en sorts influensa. Ingenting att oroa sig för. Nu har de flesta uppdaterat den föreställningen. SARS-CoV-2 är något nytt och okänt.

I takt med att Cov-19 sprider sig är det viktigt att sätta siffror och sannolikheter: hur smittsam är Cov-19, hur reagerar Cov-19 på särskilda åtgärder, hur många kommer att smittas och hur många sjukhussängar behövs? Det handlar om att ligga steget före och bayesiansk analys ger prognoser i en osäker värld. Varje prognos omges med ett mått av osäkerhet med scenarier som sträcker sig från pessimistiska till optimistiska. Pandemier är komplexa och kräver fler perspektiv än ett enda expertperspektiv.

Det fanns kunskap om SARS-CoV och MERS-CoV. De som insjuknade av SARS-CoV 2003 hade tydliga symtom som feber, hosta och muskelvärk. Dödligheten var 10%. I början spreds det snabbt (R0=3), sedan sattes hårda åtgärder in och R0 sjönk till 0,7 och viruset försvann. MERS-CoV, som fortfarande finns kvar och har en dödlighet på 35%, kan ge symtom som feber och hosta, men tycks också vara asymtomatisk

Eftersom MERS-CoV utgör 50% av de farliga coronavirus de senaste 20 åren leder det till att sannolikheten för en pandemi uppdateras. Om det finns en sannolikhet att CoV-19 sprids utan symtom bör man genast dra ner på antal möten mellan människor.

Min åsikt är att man snabbt sätter in åtgärder när man står inför något okänt. Man tar det säkra före det osäkra. Det är en försiktighetsprincip. Jag tror de flesta tillämpar den principen i vardagen. Om något nytt och skrämmande närmar sig dörren stänger man den, sedan öppnar man försiktigt. Inte tvärtom. Det är viktigt med transparens. Hemliga beslut skapar misstro. Vilka antaganden görs? Bayes gör dem tydliga.


Ett räkneexempel:

Jag har skrivit utförligt om bayesiansk analys i ett tidigare inlägg, men exemplet nedan visar att man inte alltid kan lita på sunt förnuft.

När man gjorde HIV-test fick man dessa siffror i USA:
sannolikheten att ett test visar att en person med HIV är infekterad: p(Hiv+|Hiv)= 0,977
sannolikheten att ett test visar att en frisk person inte är infekterad: p(Hiv-|ej Hiv) = 0,926
sannolikheten för att en person i USA har HIV: p(Hiv) = 0,0026

Vad är sannolikheten att en person är sjuk när ett test visar att personen är infekterad med HIV?

Bayes sats = (0,997x0,926)/(0,997x0,926) + (1-0.926)x(1-0,0026) = 0,033.
Sannolikheten att man har HIV om testet visar det är alltså drygt 3 procent.

måndag 13 april 2020

Smittans tid av Paolo Giordano

För några år sedan läste jag Paolo Giordanos bok Primtalens ensamhet. Den fångade mig från första sidan till sista. Nu har han skrivit Smittans tid - en bok om hur vi fångats av viruset SARS-CoV-2. Han sitter i karantän i Italien och skriver som en sentida Boccaccio*. Jag laddade hem boken på engelska för 9 kr (!). Den svenska översättningen kostar 69 kr. Det är väl investerade pengar. Knappt 70 lättlästa sidor.


Det är en bok för tvärsäkra experter, beslutsfattare och allmänhet. En bok för alla som lever i smittans tid.

Matematik är inte en vetenskap om siffror, utan vetenskapen om händelser och relationer, skriver Giordano. Matematik beskriver kopplingar mellan olika enheter - oavsett vad dessa enheter är gjorda av - och gör dem till bokstäver, punkter, siffror och grafer.

Epidemier är matematiska. Det är röda prickar av olika storlek som täcker ett smittat jordklot. De röda prickarna växer med en matematiskt uttryck: R0.


I början av en epidemi vill man tro att det inte är så farligt. Det går över. Så trodde man först i Italien. Snart är allt som vanligt. Idag är 10 döda, i morgon 20, sedan 30. Om 10 dagar är 100 döda. Det klarar vi av. Men naturen är till sin natur icke-linjär. Med ett R0 <= 1 kommer varje person att smitta högst en person. Då är smittan hanterad. Om R0 > 1 är ökningen exponentiell. Med ett R0 = 2 dubbleras antalet vid varje överföring. En smittbärare fungerar som ett klot som sätter två klot i rörelse som i sin tur sätter fart på fyra klot. Om R0=3 - och Cov-19 tros ligga mellan 2 och 3 - är 59000 klot i rörelse efter 10 stötar och hela jordklotet efter 21 stötar.

Varför inte bara låta smittan ha sin gång?

Giordano anger två skäl: Det första är rent numeriskt. Sjukvården klarar inte hur mycket som helst. I Italien finns lika många läkare per 1000 invånare som i Sverige, men de har 50 procent fler sjuksängar per 1000 invånare.

Det andra skälet är humanitärt. Det handlar om de svagaste grupperna i samhället. Det är vårt ansvar att skydda dem. Om de friska utsätter sig för viruset kommer viruset närmare riskgrupperna.

Vi lever efter våra kalendrar. Saker ska börja och sluta vid bestämda tider. Vi kräver ett slutdatum, ett besked. Vi flyttar vårens aktiviteter till sommaren, sedan till hösten. Men naturen bryr sig inte om kalendrar. Virus slutar när det inte längre finns någon att infektera och när det sker vet vi inte.


Det handlar inte om dig

I början av mars gick Melodifestivalen av stapeln. 30000 personer satt i publiken. Samtidigt hölls en 60-årsfest i Stockholm. Av 100 deltagare insjuknade 70, enligt DN. Försiktighetsprincipen gav vika för en okänd princip. Lite senare förbjöds folksamlingar på mer än 500 personer, sedan 50. 

Den 47-åriga partnern till 60-åringen var nära att dö. Det är svårt för privatpersoner att fatta den här typen av beslut. Det krävs tydliga direktiv. 

Giordano är tydlig med att det bästa valet är det som tar hänsyn till dig och - samtidigt - alla runt dig. Ditt beslut påverkar alla andra. Vi lever i kaos och en fjäril som fladdrar på en annan kontinent påverkar vädret här. Men det finns ordning i kaos. Det går att räkna på; det finns ekvationer för att se hur ett kaotiskt system utvecklas i framtiden.

Det här var inte den första smittan och inte den sista, skriver Giordano. För att förstå virus måste vi förstå hur de ”ser på oss”. SARS-CoV-2 bryr sig inte om kön, nationalitet eller religion. Den bryr sig bara om du är mottaglig, om du är infekterad eller om du har tillfrisknat. Ju fler människor och ju mer rörelse och umgänge, desto bättre för viruset. Smittan är bara ett symptom. Infektionen finns i människans ekosystem.

Vetenskapens kärna är tvivlet

I samma stund som epidemin var ett faktum polariserades debatten. Båda sidor hänvisar till experter, men experterna säger olika. Inte minst i Sverige vill vi tro att det finns experter som sitter på sanningen.

Men vetenskap bygger inte på sanning utan på tvivel och ifrågasättande. Vetenskap är ett samtal och en pågående debatt. Den ska inte tystas av vissa experter. En del hypoteser är mer sannolika än andra. Det kanske är mer spännande att tro att SARS-CoV-2 skapats av kineser eller amerikaner i ett labb än att viruset kommer från fladdermöss. Men en sådan labb-teori kräver fler godtyckliga antaganden jämfört med det etablerade antagandet att virus ofta sprids från fladdermöss

Människor älskar komplexa konspirationer om virus, månlandningar och mord, men konspirationer passar bättre på filmduken. Vetenskap lutar sig istället mot något som kallas Ockhams rakkniv. Den enklaste lösningen, den som kräver färre antaganden och logiska hopp, är troligtvis den korrekta. Konspirationer avslöjas alltid. Fler än två kan inte hålla tyst i flera år.

Bild: Gerd Altmann från Pixabay
I tider med smitta är transparent information en avgörande förebyggande åtgärd, skriver Giordano. Han beskriver nuläget som ett triangeldrama mellan medborgare, institutioner och experter som tycks oförmögna att kommunicera. Först viftades kritik mot beslut bort som alarmism. Låt det vara som vanligt. Alla ska dö någon gång.

Men det handlar inte om alarmism och panik. Det handlar om debatt och transparens. Covid-19 är något nytt och okänt. Det kräver en öppen debatt. De som dör somnar inte in som vid influensa utan dör ofta en ensam och plågsam död.

Virus skapade våra hjärnor, men de har själva ingen intelligens. SARS-CoV-2 består av 30 000 baspar RNA-kod. Men de är bättre på oss att vara agila. De förändras, anpassar sig och de gör det snabbt. Det är en lärdom av virus. Det krävs ett agilt, öppet, transparent och ödmjukt ledarskap. Det handlar inte om att lyssna på en expert eller en grupp av experter som tycker lika. För att se helheten måste flera experter och perspektiv vara med. Det kräver ledarskap.

Tiden under karantän ger oss en chans att tänka efter, säger Giordano. Vi lever i ett bräckligt ekosystem.

*Giovanni Boccaccio skrev novellsamlingen Decamerone under karantän när digerdöden härjade i Florens 1353. Ett av medeltidens mest kända verk.

lördag 11 april 2020

Fladdermöss är noga med social distansering vid infektion

Det finns en gemensam nämnare bakom utbrotten av SARS-CoV i Asien 2003, MERS på arabiska halvön 2012, Ebola i västra Afrika 2014 och SARS-CoV-2 i Kina 2020: fladdermöss. Det är inte en slump. Fladdermöss lever nära människor. Människor jagar och äter dem eller lever nära djur som i sin tur blivit infekterade av fladdermöss; kameler av MERS och myrkottar av SARS-CoV-2. 

Det finns minst 1300 arter av fladdermöss och deras immunsystem gör dem till perfekta reservoarer för olika virus. De tycks klara det mesta och åldras tio gånger långsammare än sina jämnstora släktingar på marken.

Febriga fladdermöss

Jag springer mycket, men jag vilar mycket mer. Min kroppstemperatur är därför ganska stabil strax under 37 grader. Ifall jag blir infekterad av ett virus som SARS-CoV-2, stiger min kroppstemperatur. Febern aktiverar ett inflammatoriskt svar så att mitt immunförsvar kan angripa inkräktarna

Foto: Todd Cravens på Unsplash
En avgörande skillnad mellan mig och fladdermöss är att de tränar konstant. De är flygande däggdjur, vilket ökar både kroppstemperatur och metabolism. Att hålla sig i luften med ett par vingar är krävande. Deras immunsystem är därför känt som "Flight as Fever". De lever ständigt i ett febrigt och energikrävande tillstånd. Det gör dem både motståndskraftiga mot virus och till asymptotiska sjukdomsbärare.

Virus sprider sig genom fysisk interaktion. Den viktigaste regeln för att hindra smittspridning är att minimera antalet kontakter och hålla avstånd. Virus sprider sig genom hosta, nysningar, prat och beröring. 

Vi undviker instinktivt människor med sjukdomsbeteende. Men fladdermöss är extremt sociala. De lever i kolonier och är beroende av varandra. De hjälper varandra med barnpassning och de ger mat till de som stannar kvar i kolonin när resten är ute och samlar mat. De delar mat genom att slicka varandras munnar. Ju närmare de är släkt med varandra, desto troligare är att de delar bröd. Honor delar mer än hanar.

Precis som i mänskliga samhällen försöker en del fladdermöss lura systemet. De stannar kvar i kolonin och hoppas på att bli matade. Det leder till slut att ingen vill ge dem mat. Fladdermöss utövar social kontroll.

Fantastiska däggdjur med lika många fingrar som dig och mig. 
Fladdermöss är motståndskraftiga mot virus, men vad händer om de blir sjuka? Jo, precis som människor stannar de hemma. De behöver all energi för att bekämpa infektionen. De andra fladdermössen undviker dem, men de närmsta släktingarna fortsätter ge de sjuka fladdermössen mat.

Fladdermöss och människor är ganska lika. Vi håller distansen under en pandemi, men vi överger inte våra närmaste.

torsdag 9 april 2020

Din hjärna skapades av ett virus

Viruset SARS-CoV-2 härjningar har gett virus ett dåligt rykte. Men alla virus är inte elaka. Dels är de flesta virus harmlösa; en klunk havsvatten innehåller flera miljarder virus. Dels har vi virus att tacka för våra liv; ditt DNA består till 8 procent av retrovirus. Det var virus som gav däggdjur en moderkaka. Ny forskning visar också att virus skapar minnen.

ARC

Nervceller kan inte röra sig. De tar emot information och skickar den vidare. Signalen kastar sig sedan över ett mellanrum som kallas synaps. Synapser förändras med användning; de är plastiska. Ny forskning visar att ett protein med namnet ARC (Activity-Regulated Cytoskeleton-associated protein) spelar en viktig roll i denna process. Möss som berövas ARC-genen tappar nämligen minnet, ungefär som Leonard Shelby i Memento.

Från den utmärkta filmen Memento.
I mitten av 1990-talet letade forskare gener som aktiveras i synapser under inlärning. Cellkroppen, där proteiner tillverkas, befinner sig långt från synapsen. Hur kommer proteinerna dit? Det visade sig att ARCs mRNA - som bär koden för ARC-proteinet - skickades från cellkroppen till synapsen.

ARC fungerade som ett virus. Medan människans arvsmassa finns i DNA, som utgörs av två separata strängar som slingrar sig runt varandra, har virus oftast sin arvsmassa i RNA, som vanligtvis är en enkelsträngad molekyl. Ett virus kan inte replikera sitt RNA, utan måste utnyttja en cell som i sin tur replikerar viruset. När ett virus letar efter celloffer är dess RNA skyddat bakom ett proteinskal som kallas kapsid. På samma sätt skyddas ARCs RNA av kapsid.

Kapsid. Virus är kapsid-kodande ”organismer”, medan celler är ribosom-kodande.
ARC-proteiner uppför sig alltså som virus. De förflyttar sig och "infekterar" celler. ARC-kapsider som frisätts från en nervcell kan dela sitt RNA med en annan nervcell, precis som virus delar RNA med varandra.

Virus gav djuren minne

Men hur hamnade ett protein som liknar ett virus hos människor? Eftersom samma version av ARC finns hos både människor och möss antar forskare nu att genen finns i alla landdjur. För cirka 375 miljoner år pressade sig ett virus - med en tidig version av ARC - in i arvsmassan till den gemensamma förfadern för alla landlevande djur. Med hjälp av ARC kunde viruset sprida sig från cell till cell. Men viruset fångades upp, avväpnades och fick en avgörande uppgift i hjärnorna hos landlevande djur.


Arc tar sig från nervcellens cellkropp till synapsen som ett virus.
Det kan tyckas som landdjuren besegrade viruset, men i själva var det win-win. Virus som dödar sina värdar överlever sällan. Virusutbrott som ebola dör ut eftersom alla flyr eller dör. Relativt snälla virus - som de 300 varianter som ger upphov till förkylning - lyckas bättre, men allra bäst lyckas det RNA som blir en del av någon arts arvsmassa. Genom att ge djuren funktioner som moderkakor och bättre minnen kommer de dessutom att öka sin och värdens chans att överleva.

Dåligt minne?

Fiskar saknar ARC-gener. De har inte lika bra minnen som landdjur. När fiskarna kravlade upp på land krävdes en plastisk hjärna. På land är det svårare att överleva. Varje dag en utmaning. I vatten kan fiskar suga in mat genom munnen. På land blev de tvungna att skicka munnen efter maten. Fiskarna behövde också lära sig och minnas vad de lärt sig och ARC hjälpte dem med det. Sedan pressade sig fiskarna upp från marken och började springa efter mat. Först på fyra ben, sedan på två ben. Det är inget jag tänker på när jag springer, men varje gång jag utmanar mig själv ökar jag ARC-genens aktivitet.


lördag 4 april 2020

Snabba åtgärder minskade antal döda under pandemin 1918-19 med hälften visar ny studie

Städer som snabbt och resolut vidtog åtgärder vid pandemin spanska sjukan 1918-19 hade en sjukdoms- och dödlighetsfrekvens som var 30 till 50 procent lägre än andra städer. Det visar en ny studie.

Just nu ser vi hur land efter land gradvis stängs ner på grund av viruset SARS-CoV-2 som orsakar Covid-19. Vissa länder har varit snabba, andra långsamma. I efterhand får vi facit, men man kan också lära av historien. Historia ger perspektiv.

I en ny studie har professor Stefan E. Pambuccian vid Loyola University Chicago Stritch School of Medicine, granskat den pandemi som härjade 1918-19 och kallades spanska sjukan*. Viruset infekterade halva världens befolkning och dödade 50-100 miljoner människor (främst unga människor).

Spanska sjukan. Främst unga med starka immunförsvar drabbades. Det var immunförsvaret som dödade dem genom att överreagera (cytokinstorm).

I städer som San Francisco, St. Louis och Kansas City genomdrevs snabba åtgärder. De stängde skolor och kyrkor och de förbjöd folksamlingar större än 20 personer. Med facit i hand hade de 30-50 procent lägre nivå på sjukdomar och dödlighet jämfört med städer som reagerade långsammare. De hade dessutom ett mer utdraget och långsamt förlopp. 

Ett motsatt exempel var Philadelphia. De anordnade en stor parad 1918, trots varningar om att den spanska sjukan troligtvis redan fanns hos några av soldaterna. Paraden skulle hållas. Planen följas. Snart fylldes sjukhusen med patienter. Inom några veckor hade 4500 människor dött. Det påminner om det senfärdiga svenska beslutet om Melodifestivalen. Det fanns en risk att några i publiken kunde vara sjuka, men Melodifestivalen skulle hållas. Några dagar senare hade det varit otänkbart. 

"Ju strängare isoleringspolitik, desto lägre är dödligheten," säger Dr. Pambuccian. Liksom idag tyckte folk att de hårda och strikta åtgärderna var onödiga. Det är svårt att se en exponentiell utveckling. Den är alltid linjär i den punkt man står på.

Allt är sig likt ...

Uppskattningsvis dog 675000 människor i USA. Folk var skeptiska, men reglerna gjorde uppenbarligen skillnad. Pambuccian anser att studien ger hopp om att de nuvarande åtgärderna - som land efter land genomför - kommer att begränsa effekterna av Covid-19.

SARS-CoV-2 och mutationer 

Evolutionen sållar oftast bort de dödligaste virusvarianterna. Vid exempelvis ett ebola-utbrott flyr alla eller dör. Virus som dödar sina värdar får svårt att överleva. Relativt harmlösa förkylningsvirus frodas däremot. Men i den situation som rådde i världen kring första världskriget - då försvagade soldater låg tätt packade i salar och kaserner - gynnades ”elaka”, virulenta virusvarianter. Det ”spanska” viruset muterade; det kunde döda sin värd och hoppa till nästa. Sedan spred de hemvändande soldaterna viruset över hela världen. Ibland genom parader.

Även SARS-CoV-2 muterar. Påståendet att det inte muterar stämmer inte. Människans arvsmassa finns i DNA, som utgörs av två separata strängar som slingrar sig runt varandra, medan SARS-CoV-2 har sin arvsmassa i RNA, som vanligtvis är en enkelsträngad molekyl. När det blir fel i DNA kan det snabbt korrigeras eftersom den andra strängen fungerar som mall. Men kopieringsfel i virus som SARS-CoV-2, som har sin arvsmassa i RNA, blir kvar och ackumuleras.

Bild: SARS-CoV-2 muterar 1000 gånger snabbare än influensavirus. Källa: https://nextstrain.org/
SARS-CoV-2 består av en handfull gener kodade av 29903 baspar. Det är ovanligt mycket kod och mycket som kan bli fel. Förkylningsvirus och HIV har endast 9200 baspar. De flesta mutationer är dock ofarliga och skadar viruset. Att det skulle bli farligare är osannolikt men inte omöjligt.

Rätt djurhantering

Just nu kan du tvätta händerna, hålla avstånd och träna, sova och äta bra för att balansera ditt immunförsvar. SARS-CoV-2 har ett bräckligt membran som lätt förstörs av något så enkelt som tvål och vatten. Om 1-2 år finns troligtvis ett vaccin. 

Det handlar också om människans relation till vilda djur. Det räcker med att ett vilt djur biter, andas eller tappar blod på en jägare eller slaktare för att en oförutsägbar kedja ska starta. Omkring 75 procent av alla sjukdomar kommer från djur och det finns 800000 okända virus från vilda djur som kan infektera människor (virus från tamboskap har blivit ”snällare” genom åren).

Det vi inte lärde oss av tidigare epidemier bör vi lära oss av denna pandemi. Undvika polarisering, men uppmuntra debatt. Det är inte ett val mellan hårda åtgärder som i Kina (och vad händer när Kina öppnar igen?) och att låta allt vara som vanligt. Total isolering kraschar ekonomin, medan en avslappnad attityd ökar dödlighet och kraschar sjukvården. Det finns inga enkla vägar. Polarisering istället för transparent och öppen debatt leder ofta till dessa extrema positioner. I en intervju säger den kloka experten Michale T. Osterholm att: ”we must try to thread the rope through the middle”. Just nu tycks länder som Finland, Taiwan och Sydkorea ha klarat sig bättre än exempelvis Sverige. Det är de fakta vi har just nu. De var snabba utan att stänga ner och låsa in som Kina.

Den 26 januari i år, innan pandemin var ett faktum, skrev Nassim Taleb: "Clearly, we are dealing with an extreme fat-tailed process owing to an increased connectivity, which increases the spreading in a nonlinear way ...It will cost something to reduce mobility in the short term, but to fail do so will eventually cost everything—if not from this event, then one in the future ". Att agera snabbt kostar miljarder, att agera långsamt biljoner.

* Spanien var neutralt under första världskriget och censurerade inte nyheter och därför dök nyheten om influensan först upp i Spanien.

torsdag 2 april 2020

Experter är inte kloka

Förstånd är en av de fyra kardinaldygderna och liknas ofta vid en kvinna, Prudentia (Latin: prudentia, från ordet providentia som betyder förstånd). Hon är en allegorisk personifiering av förstånd, ofta tillsammans med Justitia, den romerska gudinnan för rättvisa.

Prudentia har ett janusansikte. Hennes bakre ansikte avbildar en gammal man. I sin ena hand håller hon en sugfisk och i den andra en spegel. Janusansiktet symboliserar förmågan att lära av det förgångna. Förstånd är inte bara expertkunskap - lika viktigt är att lära av historien och tillämpa förvärvad kunskap. Sugfisken (Latin: remora remora, remoris betyder långsam) symboliserar eftertänksamhet. När sugfiskar hakade fast vid fartyg saktade de ner trots gynnsamma vindar. Den kloke skyndar långsamt. Spegeln finns för att man ska kunna se sina egna fel och brister.


Ingen ser elefanten i rummet.
Vad har det med experter att göra? Jo, du blir expert genom att lära dig allt inom ett område. Det finns många kloka experter, men att ha kunskap är inte samma sak som att vara klok. Alla människor har olika bakgrund och utbildningar och därmed lite olika perspektiv. En förståndig och klok person har flera perspektiv och förstår att det finns ännu fler perspektiv. En klok person ser sina brister, är ödmjuk och villig att erkänna sina fel och att lära sig av andra. En klok person har ett med sociologen Johan Asplunds ord ett väl utvecklat aspektseende.

Världen låter sig inte beskrivas av en enda modell. Världen är TOKI (Tvetydig, Osäker, Komplex och Instabil). I grunden är alla modeller felaktiga, annars vore de inte modeller. Men vi kan lära av en del av dem.



Prudentia.
Biologen Robert Sapolsky illustrerade detta med frågan, ”Varför gick kycklingen över vägen?”. Sedan ger han exempel på hur olika experter svarar. En evolutionär biolog svarar ”Eftersom den såg en potentiell partner på andra sidan”. En fysiolog svarar ”Eftersom benmusklerna fick benen att röra sig”. En hjärnforskare svarar ”Eftersom nervcellerna i kycklingens hjärna utlöste rörelsen”.

Sapolskys experter har inte fel, men de ser inte hela bilden. Varje enskild modell är bara ett tvärsnitt av verkligheten. De utmaningar och situationer vi står inför kan därför inte förklaras utifrån ett perspektiv. Tvärfunktionella expertgrupper med personer som samtalar och förstår varandras perspektiv ger mer livskraftiga förslag än experter som utreder på sin kammare eller som sitter tillsammans med likasinnade i mentala bubblor och kommittéer.


måndag 30 mars 2020

Runners World - Så här skapar du motivation

För två månader sedan kanske du tränade hårt inför vårens tävlingar. Du läste om coronaviruset som spred sig i Kina. Det var långt borta. Nu är det här. Virus färdas med flygets hastighet. När tävlingarna ställdes in tappade du motivationen. Det kanske skedde gradvis eller direkt. Men det finns hopp. Det finns en vetenskap om hur du hittar tillbaka till din motivation.


Motivation betyder drivkraft. Det är en process i hjärnan. Inför en uppgift samlar din hjärna in information - som upplevd ansträngning och potentiella belöningar - och jämför information med tidigare erfarenheter. Sedan fattar din hjärna ett beslut: Är det värt att genomföra uppgiften? Brist på motivation skapar därför en nästan förlamande trötthet, för du vill ingenting. Då kan du lika gärna sova en timme till.

Inre och yttre motivation

Det finns inre och yttre motivation. Inre motivation handlar om inneboende drivkrafter: glädje och tillfredsställelse av att träna, identitet, värde och mening. Det är du som har kontrollen. Yttre motivation handlar om inre och yttre tryck. Det kan vara ...



måndag 23 mars 2020

Några myter om coronaviruset

Några myter och även lite fakta om Corona ...


Covid-19 minskar när det blir sommar och varmt

Det finns hittills inget som tyder på att sommar och värme stoppar viruset SARS-CoV-2 som ger upphov till sjukdomen Covid-19 (som HIV ger upphov till AIDS). WHO skriver att virus sprids i både varma och kalla länder. Tropikerna är inte förskonade. SARS-CoV-2 sprider sig både i varma länder som Iran och i kalla länder som Island. Virus ogillar UV-strålning, men solen hinner inte bränna sönder ett virus på den tid det färdas från en mun till en annan. Räkna inte med att sommaren räddar oss. Den världsledande amerikanska epidemiologen Michael T. Osterholm - med mer än 300 publicerade studier under bältet - säger i en intervju med CNN:

”Let me make one point really clear; which I think has not received sufficient discussion. We keep hearing that this is going to die out with the spring warmer weather in the Northern Hemisphere. SARS ended in 2003 in June, but it had nothing to do with the seasons at all. It took until June of 2003 to understand how to stop transmission and then carry out our prevention activities. This had nothing to do with the seasonality of SARS. I've investigated outbreaks of MERS on the Arabian Peninsula when it was 110 degrees.

The other thing that seems to support the conclusion that there will be seasonality with COVID-19 is the seasonal nature of influenza. In fact, while there is seasonal influenza in the two hemispheres, it occurs year-round in the tropics. And of the last 10 influenza pandemics, two started in the winter, three in the spring, two in the summer and three in the fall. We have no evidence from what we know about influenza to suggest that COVID-19 will subside with summer in the Northern Hemisphere.”


Bild: S. Hermann & F. Richter från Pixabay

Hjälper bastu?

Jag bastar flera gånger i veckan, men jag gör det inte för att döda virus. Jag sover bättre. Forskning visar att höjd temperatur under dagen ger bättre sömn på natten. Man kan höja temperaturen genom att träna eller basta.

De som påstår att bastu hjälper säger att värmen dödar virus i lungorna, ungefär som feber. Men när inandningsluften når lungorna är den kroppstempererad. Som tur är. Det gäller även när du andas in kall luft. Lungorna kan inte hettas upp och inte heller frysas ner.

Stärka immunförsvaret?

Vi har ett starkt immunförsvar. Om det gick att stärka hade evolutionen redan stärkt det. Det finns däremot flera sätt att försvaga immunförsvaret på. I sin bok Why we sleep skriver Matthew Walker att en enda natt med 4 timmar sömn minskar antalet naturliga mördarceller - kroppens första försvarslinje mot bland annat virus - med omkring 70 procent.

Ett exempel på hur kroppen balanserar sin budget är feber. Genom att höja kroppstemperaturen med en grad minskar virus replikationshastighet 200 gånger. Så varför är vi inte alltid två grader varmare? Jo, det är kostsamt. Feber kostar mycket energi. Vi är redan mycket varmare än vår omgivning och kroppsvärmen är besvärlig för mikrober. Det är bara att se hur mikrober förvandlar kadaver till smörgåsbord när de svalnat.

Håll avstånd

Att hålla avstånd till andra hjälper eftersom närhet gånger antal möten ger risken att smittas. New York Times har en bra graf på det här. Skogshuggare är ganska trygga, medan tandläkare och kabinpersonal har en hög smittorisk. Mellan 1,5 och 2 meter är ett bra avstånd. Man kan tänka sig att det ska gå att lägga en människa av normallängd mellan sig och närmaste person.
Bild: New York Times

Nya studier visar att en nysning kan kasta de minsta dropparna 8 meter. Dessa droppar ligger sedan i luften upp till 10 minuter. Nysningar är dock milda vid corona-infektioner. De är vanligare vid förkylningar.

Nysning. Det röda molnet längst till höger sträcker sig 8 meter.

Simmar det delfiner i Venedig?

En del nyheter vill vi ska vara sanna. Nyheter som ger lindring, men som i själva verket är virala lögner. Människor klistrar och klipper ihop fake news. Exempelvis befinner sig delfinerna som sägs simma i Venedigs kanaler i själva verket i havet utanför Sardinien. 


Varken delfiner eller svanar i Venedig men bättre vatten.


Inte skapad i ett laboratorium

Konspirationsteorier frodas i dessa tider. Det finns länder och grupper som aktivt sprider dessa konspirationer. En sådan teori är att viruset skapats i länder som USA, Kina eller Israel. Men det är helt fel. Virus utvecklas genom evolution. Virus är ett bra bevis för evolution eftersom de hela tiden utvecklas. Det är därför det krävs nya vaccin mot influensa varje år. I fallet meSARS-CoV-2 var det sannolikt så att viruset gick över från fladdermöss till människa på en matmarknad med vilda djur i Kina.

Edit 27 mars: ny studie bekräftar att värme och sommar inte stoppar virus https://www.reuters.com/article/health-coronavirus-eu-ecdc-idUSL8N2BI604